Sejarah berdirinya BAPAS, dimulai pada masa Pemerintahan Hindia Belanda yaitu dengan berdirinya Jawatan Reclassering yang didirikan pada tahun 1927 dan berada pada kantor pusat jawatan kepenjaraan. Jawatan ini didirikan untuk mengatasi permasalahan anak-anak/ pemuda Belanda dan Indo yang memerlukan pembinaan khusus. Kegiatan Jawatan Reclassering ini adalah memberikan bimbingan lanjutan bagi Warga Binaan Pemasyarakatan (WBP), pembimbingan bagi WBP anak dan dewasa yang mendapatkan pembebasan bersyarat, serta pembinaan anak yang diputus dikembalikan kepada orang tuanya dan menangani anak sipil. Petugas Reclassering disebut Ambtenaar de Reclassering. Institusi ini hanya berkiprah selama lima tahun dan selanjutnya dibekukan karena krisis ekonomi akibat terjadinya Perang Dunia I.

Balai Pemasyarakatan adalah sebagai salah satu Unit Pelaksana Teknis Kementrian Hukum dan HAM yang ditempatkan di setiap wilayah Indonesia sehingga semakin efektifnya tugas serta tanggung jawab yang dimiliki Kemenkumham yang terdistribusi melalui setiap UPT yang ada di Daerah. Begitu pula dengan Sulawesi Selatan sebagai salah satu wilayah kerja Kementrian Hukum dan HAM yang termanifesatsi lewat Kanwil Kemenkumham Sulsel. Kanwil Kemenkumham Sulsel memiliki UPT yang tersebar diseluruh wilayah kerja Sulawesi Selatan, begitu pula dengan Bapas juga tersebar menjadi tiga wilayah kerja yaitu Bapas Klas I Makassar, Bapas Klas II Watampone, dan Bapas Klas II Palopo.

Berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman RI No. M. 01-PR.07.03 Th.1997, tentang Nomenklatur Balai Bimbingan Kemasyarakatan dan Pengentasan Anak (BISPA) menjadi Balai Pemasyarakatan (BAPAS). Sejak saat itu Balai Bispa Klas I Ujung Pandang berubah menjadi Bapas Klas I Ujung Pandang.

Kemudian Bapas Klas I Ujung Pandang berubah nama menjadi Bapas Kelas I Makassar, karena menyesuaikan nama kota Ujung Pandang yang dikembalikan namanya menjadi nama kota Makassar pada 13 Oktober 1999 berdasarkan peraturan pemerintah nomor 86 Tahun 1999. Pada awalnya Bapas Kelas I Makassar belum mempunyai gedung tetap sehingga harus mengontrak gedung atau rumah.

Pada tanggal 17 Agustus 1977, Bapas Kelas I Makassar mulai dibuka dan beralamat di Jalan Laiya No. 11, Ujung Pandang dengan mengontrak selama 1 tahun. Lalu, pada tanggal 12 Agustus 1978 pindah kontrak di Jalan Ince Nurdin No.3 Ujung Pandang selama 1 (satu) tahun. Lalu pada tanggal 13 Agustus 1979, Bapas Pindah kontrak ke Jalan Veteran Selatan Nomor 286, Ujung Pandang selama 1 tahun.

Pada akhirnya tanggal 13 Oktober 1980, Bapas Kelas I Makassar ditempatkan di gedung kantor milik pribadi berdasarkan surat Keputusan Balai Bispa Klas I Ujung Pandang No. BBUP 31/452, yang berlokasi di Jalan Hertasning Nomor 1, Ujung Pandang. Sekitar tahun 1988 gedung kantor Balai Pemasyarakatan Kelas I Makassar direnovasi dengan bentuk bangunan permanen. Lalu pada tahun anggaran 2001, gedung Bapas Kelas I Makassar direnovasi dengan penambahan lantai menjadi bangunan 2 lantai.